Valdimar Sveinsson, Kimberley Anderson and Hans Tómas Björnsson
Inngangur: Marksækin hitastýring (e. targeted temperature management) er notuð til þess að lágmarka taugaskemmdir eftir súrefnisskort til heila eftir hjartaáföll, drukknun eða súrefnisskort við fæðingu. Meðferðin byggir á lækkun á kjarnlíkamshita einstaklings niður í 32°C. Hins vegar geta alvarlegar aukaverkanir fylgt slíkri meðferð. Talið er að væga kælisvarið (e. the mild hypothermic response) gegni hlutverki í gagnsemi kælingar. Til að skilja þetta viðbragð betur höfum við framkvæmt framsýna stökkbreytiskimun (GeCKO) og RNA-raðgreiningu við 37°C og 32°C. Við höfum áhuga á að forgangsraða genum sem fundist í þessum rannsóknum.
-:-
Aðferðir: Við bjuggum til hálf sjálfvirka greiningaaðferð sem notar gögn frá fyrri rannsóknum þar sem útsláttur hefur verið framkvæmdur á geni. Aðferðinni er skipt í þrjá hluta. Fyrsti hlutinn byggir á söfnun RNA raðgreiningar gagna frá alþjóðalega gagnasafninu Gene Expression Omnibus. Markmið þess hluta er að finna gögn sem innihalda sýni þar sem gen úr GeCKO skimuninni hafa verið slegin út. Annar hlutinn framkvæmir Kallisto samsvörun og þriðji hlutinn notar DESeq2 greiningu sem síðan síar út gen sem sýna aukna eða minnkaða tjáningu fyrir lykilgen úr kælisvarinu.
-:-
Niðurstöður: Við skoðuðum 258 gen en stefnum að því að útvíkka rannsókn. Fimm gen sýndu marktæka (8) breytingu á lykilgenum í kælisvarinu í sambærilega átt við fyrri skimun. Eitt þeirra er sérstaklega lofandi vegna þess að það fannst í mörgum gagnasettum og virðist hafa sambærileg áhrif á flest lykilgen svarsins.
-:-
Ályktun: Niðurstöður okkar benda til þess að þessi aðferðafræði geti verið notuð til að forgangsraða genum úr fyrri rannsóknum.
