Kamilla Viktorsdóttir and Kamilla Viktorsdóttir
Inngangur: Utanfrumuerfðaefni (e. cell-free DNA, cfDNA) eru erfðaefnisbútar sem eru til staðar í blóðrásinni og öðrum lífvökvum. cfDNA losnar út í blóðrásina frá deyjandi frumum og gefur því vísbendingu um ástand þeirra. Rannsóknir á cfDNA geta því gefið góðar upplýsingar um heilsufar fólks með mjög einfaldri blóðsýnatöku. Lífvökarannsóknir (e. liquid biopsies) eru hratt vaxandi í heilbrigðisvísindum og þess vegna er þörf á að staðla aðferðir til einangrunar á cfDNA í plasma. Markmið verkefnisins var að bera saman tvær aðferðir til einangrunar á utanfrumuerfðaefni í plasma.
Efniviður og aðferðir: Sjálboðaliðar (n=38) gáfu blóðsýni, sem úr var einangrað cfDNA með tveimur aðferðum; Chemagen aðferð, sem byggir á bindingu erfðaefnis við segulkúlur, og Qiagen aðferð sem byggir á bindingu erfðaefnis við kísilhimnu. Magnmæling var framkvæmd með Qubit flúrljómunarmæli og digital droplet PCR (ddPCR), og stærð erfðaefnabúta var mæld með Agilent Bioanalyzer.
Niðurstöður: Niðurstöður sýna að þegar einangrað er með Qiagen aðferðinni fæst meira magn af cfDNA en þegar einangrað er með Chemagen aðferðinni, eins og sýnt var fram á bæði með Qubit flúljómnarmælingum (p = <0,0001) og ddPCR (p = <0,0001). Chemagen aðferðin reyndist stöðugri milli keyrsla, og einangra hærra hlutfall af DNA af háum mólmassa. Ekki var munur á milli aðferða í einangrun á mónónúkleósómal cfDNA.
Ályktanir: Báðar aðferðir henta vel til einangrunar á cfDNA, en Chemagen aðferðin er næmari fyrir DNA af háum mólmassa. Frekari rannsókna er þörf til að meta að fullu hvor einangrunaraðferðin henti betur, og þá sérstaklega með tilliti til hvort einangrunaraðferðirnar valdi skemmdum á erfðaefninu.
