Aðalhöfundur: Salvör Rafnsdóttir
Vinnustaður eða stofnun: Læknadeild Háskóla Íslands
Meðhöfundar, stofnun eða fyrirtæki:
Li Zhang, McKusick-Nathans Erfðalæknisfræðideild Johns Hopkins Háskóla,. Kimberley Anderson, Læknadeild Háskóla Íslands,. Hans Tómas Björnsson, Læknadeild Háskóla Íslands, McKusick-Nathans Erfðalæknisfræðideild Johns Hopkins Háskóla, Erfða- og sameindalæknisfræðideild Landspítala Háskólasjúkrahús.
Inngangur: Kæling er notuð sem taugaverndandi meðferð eftir alvarleg áföll en ferlið að baki er lítt skilið. Þekkt er að magn nokkurra próteina eykst við kælingu. Tilgáta okkar er að við kælingu virkist sértækur viðbragðsferill sem hefur gagnleg áhrif á taugafrumur sem verða fyrir skaða og viljum við skilgreina ferilinn.
Efniviður og aðferðir: Við höfum hannað flúrljómandi klögugen fyrir CIRP, SP1 and RBM3. Flúrljómun klögugenanna leyfir magnmælingu á umritun genanna í rauntíma. Við höfum framkvæmt framsýna stökkbreytiskimun á HEK293 frumulínu með innleiddu SP1 klögugeni með CRISPR-Cas9 aðferð sem stökkbreytir öllum tjáðum genum í mannaerfðamenginu, að meðaltali einu í hverri frumu byggt á þeirri leiðsögusameind sem er til staðar. Frumuflokkari einangraði frumur sem sýndu mestu eða minnstu (>95%, <5%) breytingu í flúrljómun eftir stökkbreytiskimun. Notast var við háafkastaraðgreiningu til samanburðar á dreifingu á leiðsögusameindum í báðum hópum miðað við viðmið.
Niðurstöður: Niðurstöður úr framsýnni stökkbreytiskimun sýndu að heildarflúrljómun frumnanna hliðraðist í átt að minni flúrljómun en einnig var aukning á há-flúrljómunarfrumum. Raðgreininiðurstöður sýndu að þegar dreifing leiðsögusameinda milli hópanna var borin saman við viðmið mátti sjá að tvö af efstu þremur genunum úr há-flúrljómunarhópnum og að tvö af efstu 10 genunum hjá lág-flúrljómunarhópnum tengjast RAS/MAPK boðefnaferlinum.
Ályktun: Minni heildarflúrljómun og aukning á háflúrljómunarfrumum bendir til þess að til staðar séu gen sem bæði virkja og hamla kerfinu. Það að 4 af 20 genum í frumum með mesta breytingu á flúrljómun séu tengd RAS/MAPK er ólíklegt að gerist fyrir tilviljun (OR: 30,4 reiknað með Fisher’s Exact Test for Count Data, P<3×10-05).
