Aðalhöfundur: Birkir Þór Bragason
Vinnustaður eða stofnun: Tilraunastöð Háskóla Íslands í meinafræði að Keldum
Meðhöfundar, stofnun eða fyrirtæki:
Árni Kristmundsson, Tilraunastöð Háskóla Íslands í meinafræði að Keldum. Sigríður Hjartardóttir, Tilraunastöð Háskóla Íslands í meinafræði að Keldum. Snorri Már Stefánsson, Tilraunastöð Háskóla Íslands í meinafræði að Keldum.
Inngangur: Nýrnaveikibakterían Renibacterium salmoninarum (Rs) er Gram-jákvæð baktería sem tilheyrir Renibacterium ættkvíslinni og er eina tegundin innan hennar. Rs er landlæg í íslenskum vatnakerfum og laxfiskum, en veldur ekki sjúkdómi nema við eldisaðstæður. Erfðamengi Rs er að jafnaði um 3 Mbp og hafa stofnar hennar verið einangraðir og heilraðgreindir úr sýktum fiski í Norður-Ameríku og Norður-Evrópu. Þessi rannsókn var framkvæmd til að fá innsýn í breytileika innan íslenskra Rs stofna, sem og skyldleika þeirra við erlenda stofna.
Efniðviður og aðferðir: Erfðaefni var einangrað úr 8 Rs stofnum sem varðveittir eru í lífsýnasafni Keldna. Erfðaefnið var heilraðgreint hjá BGI genomics. De novo samsetning erfðamengis var framkvæmd með Megahit og leiðrétt með Bowtie2 and Pilon. Annotation var framkvæmd með Prokka. Heilraðgreiningargögn fyrir 68 erlenda Rs stofna var fengið í gagnabanka European Nucleotide Archive. Erfðamengi stofnanna voru borin saman með Roary.
Niðurstöður: Íslensku Rs stofnarnir skera sig úr þegar erfðamengi þeirra er borið saman við stofna frá bæði N-Ameríku og N-Evrópu. Erfðamengi íslensku stofnanna er líkast stofnum sem einangraðir voru í Noregi og eru taldir endurspegla erfðamengi stofna sem voru til staðar í villtum fiskistofnum við Austur-Atlantshaf fyrir upphaf fiskeldis.
Ályktanir: Sjúkdómsvaldandi Rs stofnar í eldisfiski á Íslandi, eins og þeir sem rannsakaðir voru í þessu verkefni, eru taldir berast úr grunnvatni sem notað er til eldisins. Erfðamengi þeirra ætti þ.a.l. að endurspegla erfðamengi villtra, landlægra, Rs stofna á Íslandi. Niðurstöður verkefnisins benda til að hér hafi þróast sérstakur Rs stofn. Eftir á að meta tímasetningu aðskilnaðar.
